Både barr- och lövskog förekommer i stort sett i hela kommunen och barrskog med inslag av löv dominerar. Många skogsområden i kommunen har höga naturvärden. Värdena är till exempel kopplade till kalkbarrskogar, områden med ädellövträd som ek, ask och lind, död ved och sumpskogar.

Nyckelbiotoper är skogsområden som kan vara hemvist för rödlistade arter och är därför särskilt ekologiskt känsliga. Nyckelbiotoper har betydelse för den ekologiska funktionen i skogslandskapet och många är känsliga mot avverkningar. I Norrtälje kommun finns över 1 200 nyckelbiotoper. Det höga antalet beror framför allt på att skogen har brukats på ett sätt så att det har uppstått höga naturvärden i form av gammal skog, död ved och hög andel lövträd.